Nem todas as pessoas na população de bactérias são as mesmas. Alguns podem estar na porta da divisão celular, outros estão distinguindo, enquanto outros estão se adaptando às condições ambientais. Em particular, no caso de patógenos, é importante que os pesquisadores entendam essa diversidade entre a população de bactérias. Esse conhecimento pode ajudar a desenvolver tratamento avançado.
Uma tecnologia que ajuda a analisar a diversidade de bactérias é uma única transcrição de células. Ele usa pequenas moléculas mensageiras (mRNA) para determinar quais genes são ativos em células de bactérias individuais em determinados momentos em determinados momentos. Mesmo em grupos de bactérias complexas, a análise de mRNA mostra como as células bacterianas individuais reagem a antibióticos ou outras mudanças ambientais.
Publicação “Nature Protocol” na revista
Pesquisadores de Julius-Maximilians-Universitite (JMU) Warjberg e Helmholtz Instituto para Pesquisa de Infecção baseados em RNA (HIRI) criaram uma variante inovadora de transcriptmics de células únicas de bactérias em 2021. O procedimento possui bactérias matsu-seque e várias aventuras.
Pesquisadores em Warzburg refinaram ainda mais seu método. No diário Protocolo da naturezaEles agora apresentam um protocolo passo a passo, ou seja, as instruções apropriadas para criar uma única transcrição de bactérias com Matak-EK. O protocolo também inclui análise experimental e computacional de dados.
Protocolo cobre 95 % das bactérias usadas
“Criamos um forte protocolo de bactérias SCRNA-SEA baseado em sequenciamento quantitativo de RNA de célula única”, Dra. Christina Homberger, do JMU Institute of Molecular Infection Biology, que agora é pesquisador da Universidade da Universidade de Basel. O cientista e seu colega da JMU, Dr. Fabian Imdahl, é o primeiro autor do estudo.
“O uso dos organismos modelo, como Salmonella AntaricaMostramos que o método é muito habilidoso, “Christina Homeburger explicou
300 a 600 atividades do gene são analisadas
“Nosso método detecta de 300 a 600 genes em células de bactérias. Em média, é mais significativo do que outros métodos”, diz Fabian Imdahl. Com base nas atividades do gene registrado, é muito fácil detectar o que a bactéria distinta está fazendo atualmente ou o que está atualmente se adaptando às condições ambientais.
Todo o método da separação de células únicas para a geração de dados brutos leva cerca de cinco dias com o MATQ-seq. É ideal para pequenas amostras de centenas de células; Nesse intervalo, funciona com muita eficiência e com alta resolução. Para um throput de células altas na faixa de vários milhares a vários milhões de células, outros protocolos são mais adequados, através dos quais são tomados altos danos às células e menos de 100 genes por célula.
Plataforma única em todo o mundo para cooperação
“Nosso protocolo permite uma forte análise de várias espécies de bactérias, que é a base do desenvolvimento da plataforma de sequenciamento de RNA de célula única microbiana única em todo o mundo”, explicou o diretor de Herry e o diretor da IMIB, Jorg Vogel. O objetivo da plataforma é integrar o protocolo e a eficiência, tornar a tecnologia acessível a outros pesquisadores e laboratórios.
A nova plataforma é chamada de centro do RNA-SEA de célula única microbiana (MicroShek): “É baseada na tecnologia que criamos e em outros métodos estabelecidos de alta Thrups para análise de transcriptom de bactérias separadas”. No futuro, grupos de pesquisa em todo o mundo poderão acessar a tecnologia para transcriptmicos de sela única de células de bactérias.