Um grupo de engenheiros da Universidade da Universidade da Califórnia, San Diego, está facilitando para os pesquisadores em um amplo contexto para entender como diferentes espécies estão evidentemente relacionadas e apóia as aplicações biológicas e de tratamento transformadoras, dependendo das plantas desta espécie. Os pesquisadores desenvolveram um equipamento escalpável, automático e fácil de usar, chamado Rhodes, que permite que os cientistas adivinhem diretamente as espécies a partir de dados brutos do genoma com baixa dependência de habilidades de domínio e cálculo de recursos.
As espécies de árvores são importantes para buscar nossa compreensão de como as espécies se desenvolveram em larga escala, mas podem ajudar a encontrar as áreas funcionais do genoma que podem atuar como objetivos de drogas; Vincular propriedades físicas com alterações genômicas; Previsões e reações de surtos junóticos; Até a tentativa de economia é um guia.
Em um novo artigo publicado na revista Atividades da Academia Nacional de Ciências Em 2 de maio, os pesquisadores sob a liderança da UC San Diego Electric e o professor de engenharia de computadores Yatish Turkia mostraram que os rodoviários afetam as espécies de espécies, que são comparáveis a um estudo sofisticado, mas em uma parte do tempo e esforço. Este artigo concentrou -se em quatro formas de vida variadas – mamíferos placentários, moscas pomas, pássaros e notas emergentes – embora os rodoviários possam ser usados para qualquer espécie.
Jacobs School of Engineering Science Science PhD e primeiro autor da pesquisa, Anshu Gupta, disse que “sequenciação de hi-triput e conjuntos de genoma de progresso rápido foram capacitados para fazer escalas em dignitários”. “No entanto, as espécies adequadamente estimadas ainda estão fora de alcance de muitos pesquisadores”.
“Rhodesz é uma solução oportuna e convertida para esse problema”, acrescentou Turkhiya. “Com sua velocidade, precisão e automação, é provável que as espécies das espécies de Roadise simplifiquem bastante a estimativa, tornando -a acessível em uma ampla gama de cientistas e aplicações”.
Um processo verdadeiramente automático
Roadies-que “sem referência, sem referência, sem comentários, sem comentários, estimativa consciente de separação das espécies de espécies”-é separada do equipamento filgético eletrificado porque usa pipelines completamente automáticos, mas produz resultados extremamente precisos.
Uma das principais inovações dos Roadies é baseada na amostra aleatória do genoma de inspursos de roadies sem o uso de recursos específicos, como genes codificadores de proteínas. Elimina a necessidade de vacina do genoma diante da espécie da árvore da espécie.
Turkhiya diz: “Pode parecer surpreendente que as árvores de Loki selecionadas aleatoriamente possam obter resultados extremamente precisos”, disse Turkhiya. “Mas nossos resultados mostram que esse método simples é eficaz e acreditamos que ele também pode fornecer benefícios exclusivos com uma melhor lealdade dos modelos de evolução”.
Outra técnica que provou ser a chave para a automação é que os Roadies, em frente a muitos métodos existentes, são capazes de aproveitar os genes presentes em várias cópias em todo o genoma, que é um evento comum para muitas espécies. Rhodes fez isso integrando os métodos desenvolvidos de engenharia elétrica e de computadores e co-autores deste estudo PNAS do laboratório de Siabash Mirab. Essa técnica permite que Rhodes elimine a necessidade de estimar o dinheiro ou determinar a correspondência de diferentes genes de diferentes espécies.
Ao remover os requisitos de duas etapas complexas (vacina e órteses do genoma), os rodies simplesmente não excedem um grande obstáculo na criação de um pipeline automático confiável e completo, mas requer significativamente menos energia de computação do que o equipamento existente. O estudo destacou a resistência da estrada nos conjuntos de dados com centenas de genomas, liderança de especialistas, conformidade com estudos de grande porte, mas é necessária uma parte do tempo e do esforço.
Os pesquisadores têm melhorado a capacidade dos Rodes de permitir milhares de genomas e além do possível uso de GPUs nas espécies existentes e o uso potencial de GPUs.
Turkhiya diz: “Milhares de espécies-e no final, já existem iniciativas em larga escala para sequenciar todas as espécies eucarióticas existentes na Terra”. “Queremos garantir que Rhodes esteja pronto para preencher essa escala”.
Este trabalho é apoiado por um prêmio de pesquisa da Amazon (2022 Call for Proposit), NIH Grant 1R35GM142725 e Hellman Fellowship.
