Santa Cruise – um doutorado. Os estudantes de pós -graduação em engenharia biomolular da UC Santa Cruise, incluindo um histórico de ciência da computação e matemática, criaram um programa de software inovador chamado CRISPRWE, que torna as condições genéticas mais rápidas e fáceis para a doença geral da Cale ou a fibrose cística.
O software CrisPRARE foi apresentado em um Papel O criador do software, Eric Malekos, é composto em “BMC Genomics” com colegas, células e biologia do desenvolvimento em doutorado. A estudante Christie MONTO e a orientação e entusiasmo da professora Susan Carpenter Laboratório de CarpenterO
“Sou imunologista treinando”, disse Carpenter. “Estou estudando todos os caminhos moleculares associados à inflamação com o interesse da infecção, tão intensa inflamação, mas também interesse pela inflamação crônica, porque está relacionada à doença auto -inflamatória. Comecei meu laboratório na UCSC no controle do papel que o RNA desempenha no controle dessas reações”.
RNA, ou ácido ribonuclico, como o DNA, mas em vez da estrutura dupla de carvão, o RNA geralmente possui um fio e algum bloco de construção separado. Existem algumas funções no corpo do RNA, e as proteínas, incluindo o mensageiro do DNA e um ribossomo, sintetizam as proteínas, dizendo que os ribossomos são basicamente o que a proteína deve ser produzida. No entanto, o RNA que não serve para a síntese de proteínas no carpinteiro e em seus estudos de laboratório e é chamado de RNA não codificante longo.
“Quando eu estava me treinando, a sequência de RNA se tornou uma nova estratégia quente e descobrimos todos esses genes de RNA que subiram e desceram após a reação ou infecção inflamatória, mas nenhum deles fez o código da proteína”, disse Carpenter. “Eles são originalmente colocados em um vaso onde são chamados RNAs não codificadores longos e esses genes têm 36.000 que agora são identificados em genomas humanos. Eles são mais do que os que estão estudando, que raramente são conhecidos sobre o que os genes codificadores de proteínas fazem, como fazem a longo prazo.
Para estudar RNA não codificante, o carpinteiro e seu equipamento de editor de genes de laboratório usando CRISPR ou cluster interpassavam regularmente repetições palindrômicas curtas para identificar e editar genes específicos. O processo de corte do CRISPR é geralmente uma proteína chamada CAC 9, que é gerenciada para recorte um ponto específico no genoma, conhecido como RNA -guia por uma sequência de RNA.
“A maior coisa com o CRISPR é que ele oferece muita energia para atingir uma seção específica do genoma”, disse Malekos. “O RNA-guia possui cerca de 20 nucleotídeos no RNA e você pode fazê-lo para corresponder à sequência de 20-nectídeos no genoma, isso é que isso o torna mais próximo de uma região específica do genoma, porque você não vê que muitos repetições oferecem diferentes sequências de 20 nucleotídeos; portanto, 20 sequências nucleotídicas fornecem tipos diferentes”.
O problema é o RNA do guia para os genes familiares de codificação de proteínas apenas no código genético humano em equipamentos disponíveis para pesquisadores, mas não em outros. O software CrisPRARE, é claro, pode digitalizar um genoma completo de cada vez e detectar todos os guias possíveis para qualquer região do pedido.
“Quando estudamos, geralmente usamos um modelo de genoma humano, que é realmente uma soma de cerca de 20 pessoas que foram originalmente usadas para o projeto de sequenciamento do genoma humano, que se diz que a sequência que usamos não representa todas as pessoas, porque todos temos variações diferentes”, diz Malcos. “Um ingrediente interessante no meu trabalho é que você pode incluir variações genéticas específicas nas pessoas para encontrar guias CRISPR que funcionarão em alguns casos e não em outros”.
O Malekos opera o software Crisprware no genoma de seis modelos, que geralmente usam pesquisadores em vários campos: humano, rato, rato, peixe -zebra, moscas de frutas e um verme circular conhecido como Canorhhabditis Aligans. O software Crisprware produz um amplo catálogo de RNA -guia para cada espécie. Os resultados do software foram enviados universalmente para acessíveis Navegador do genoma do ucsc, Que celebra seu 25º aniversário este mês.
“Este é um ótimo recurso”, disse Carpenter. “Se você está trabalhando para pilotar uma fruta e deseja atingir um gene, mas nunca usou o CRISPR antes de você
Olhando para a frente, Malekos viu o CRISPRARCH adaptado para estudar os genomas de células cancerígenas complexas e células vegetais, que podem ter mais de mil cromossomos em células humanas do que 46 cromossomos.
“Geralmente, os genomas das células cancerígenas são realmente divertidas”, disse Malekos. “Eles não mostram nada como células humanas comuns na direção do genoma que serão anexadas às maneiras estranhas. O Crisperware agora foi projetado para funcionar com dois cromossomos, para que o trabalho futuro possa considerar esses genomas mais complexos de câncer, além de ser feitos um grande número de cromos e um grande número de críticos. cromossomos ”
No entanto, Carpenter e Malekos, que estão preocupados com o futuro do Fellow do Instituto Nacional de Saúde de Saúde, o futuro de sua pesquisa e o estudo de outras pessoas, que cercam a recente confusão. Trump cortado pelo governo Instituto Nacional de Saúde.
“O fundo de ciência é realmente importante”, disse Carpenter. “Estamos ansiosos para falar sobre nossa pesquisa e achamos que as pessoas são mais importantes para fazê -lo, para que saibamos o que está em risco e o que as pessoas podem perder”.
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